Фамилия Ильке — редкий пример того, как простое имя превратилось в фамилию через нетипичный для русского языка суффикс. На первый взгляд она кажется иноязычной, но её корень — славянский, а точнее, западнославянский.

Основа фамилии — имя Илька. Это уменьшительная форма от Илья (русская версия библейского Илия). В русской традиции от имён на -ья (Илья) уменьшительные формы обычно образовывались с суффиксом -к-: Илька, Илюха, Илюша. Однако фамилии от них в России чаще всего оформлялись суффиксами -ин или -ов: Ильин, Илюхин. Фамилия Ильке стоит особняком: суффикс -е указывает на польскую или белорусскую модель словообразования. В польском языке фамилии на -е (например, Ильке, Янке, Петреке) означают «сын Ильки» или просто «маленький Илья», причём окончание -е — это форма именительного падежа, а не русского родительного.

География фамилии подтверждает её западнославянское происхождение. Ильке встречается преимущественно на территории современной Польши, в Беларуси и на западе Украины. В Россию она могла попасть с переселенцами из этих регионов или через поляков, служивших в Российской империи. Встречается она и у немцев Поволжья, но там это, скорее всего, германизированная форма — немецкая фамилия Ilke, которая могла произойти от того же имени Илья, но через немецкое произношение.

Таким образом, носитель фамилии Ильке — потомок человека, которого в быту звали Илькой, но его семья жила в регионе, где фамилии оформляли по польскому образцу. Никакого отношения к дворянству или известному роду эта модель не имеет — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XV–XVII веках на землях Речи Посполитой.