Фамилия Ильков чаще всего образована от прозвища Илька. Исходное слово — «илька», так на Руси называли куницу-рыболова, хотя этот зверёк обитает в Северной Америке и ценится за мех. Отсюда версия, что основатель рода Ильковых промышлял пушниной или торговал дорогими шкурами.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Ильков — буквально «сын Ильки» или «потомок человека по прозвищу Илька». Это типичная патронимическая фамилия, каких много в русском ономастиконе (ср. Петров, Иванов, Кузнецов).

Есть и альтернативная гипотеза: прозвище Илек могло восходить к карачаево-балкарскому «иелик» — «владычество». Тогда Ильком называли зажиточного, влиятельного человека. Эта версия менее распространена, но возможна, учитывая, что фамилия встречается не только в центральной России, но и на Северном Кавказе.

Не стоит путать Илькова с фамилиями Ильин или Ильичёв: те образованы от канонического имени Илья, а Ильков — от прозвищного, нецерковного имени Илька. В старых документах (например, в переписных книгах XVI–XVII веков) форма Илька фиксируется как самостоятельное имя, а не уменьшительное от Илья. Это делает фамилию Ильков более редкой и интересной с точки зрения истории бытовых имён.