Фамилия Ильковский — один из тех случаев, где за привычным окончанием может скрываться сразу два разных сценария происхождения. Первый и самый очевидный — географический. Фамилию могли дать человеку, который перебрался из деревни Ильково. Такие топонимы встречаются в России, например, в Ярославской и Орловской областях. В этом случае фамилия отвечала на простой вопрос «откуда родом?» и закрепляла за переселенцем прозвание, а затем и наследственное имя.

Названия этих деревень, в свою очередь, скорее всего, произошли от имени или прозвища первого поселенца — Илько. Это уменьшительная форма от канонического имени Илья (древнееврейское «Элияху» — «Господь мой — Бог»). Так что в основе фамилии может лежать имя, популярное на Руси после Крещения.

Вторая версия менее очевидна, но не менее интересна. Суффикс -овск- в фамилии мог прирасти к основе не от названия села, а от прозвища конкретного человека. Если в основе лежит слово «илька» — так в некоторых говорах называли куницу-рыболова, зверька с ценным мехом, — то прозвище Ильковский мог получить охотник, зверолов или торговец пушниной. Эта версия объясняет, почему фамилия не привязана к конкретной местности, а встречается в разных регионах.

В документах фамилия фиксируется с начала XX века. В Книге памяти Республики Коми упоминается Ильковский Иван Иванович, 1914 года рождения, уроженец села Бутурлиновка (ныне Воронежская область). Эта запись показывает, что носители фамилии жили не только вблизи «своих» топонимов, но и на юге России.