Фамилия Илькинова — редкий пример, где основа почти наверняка не русская, а тюркская или монгольская, а фамильный суффикс — русский. Это типичная «встречная» модель: нерусское имя или прозвище обрастает русским патронимическим окончанием -ов/-ев или -ин. В данном случае суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Илькинов, то есть сын или потомок Илькина. А вот с самим Илькиным сложнее.

Самая вероятная версия: Илькин — это русифицированная форма тюркского имени Илькен или Илькин. В тюркских языках «ильк» (ilq, ilk) означает «первый», «начальный». Имя Илькин могло даваться первенцу в семье или ребенку, родившемуся в начале какого-то периода (года, сезона). Встречается такое имя у башкир, татар, казахов и других народов. Со временем, при переселении в русскоязычную среду или при записи в церковные книги, имя могли записать как Илька, а затем образовать отчество Илькин — «сын Ильки». Отсюда прямая дорога к фамилии Илькинов.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с русским диалектным словом «илька» (куница, лесной зверек). Тогда Илька — прозвище ловкого или хитрого человека, либо охотника на куниц. Однако фамилия Илькинов встречается в основном в Поволжье и на Урале — в зоне активных тюрко-славянских контактов, что делает первую версию более правдоподобной.

Форма Илькинова — женская, по мужской линии фамилия звучала бы как Илькинов. Географически фамилия редкая, рассеяна небольшими гнездами: встречается у русских, татар, башкир, чувашей. Единого дворянского рода с такой фамилией не зафиксировано — скорее всего, предки были крестьянами, казаками или мещанами, получившими фамилию по имени отца при переписях XVIII–XIX веков.