Фамилия Илькинов — одна из тех, что образована от имени собственного, но с неожиданным поворотом в суффиксе. На первый взгляд кажется, что перед нами типичная патронимическая фамилия на -ов, произведенная от имени Илька. И это действительно так, но с оговоркой: Илька — это не самостоятельное имя, а уменьшительно-ласкательная форма от Илья (древнееврейское Элияху — «мой Бог — Яхве»). В русской народной традиции имя Илья давало целый веер производных: Илюха, Илюша, Илька. Последняя форма была особенно распространена в северных и сибирских говорах, где «аканье» и редукция гласных делали её естественной.

Суффикс -ин в фамилиях обычно указывает на принадлежность «сыну такого-то» (Илькин — сын Ильки). Но здесь мы видим -ов, что на первый взгляд противоречит правилу. Однако в диалектах и при образовании от форм на -ка иногда происходила замена: Илька → Илькинов (с двойным суффиксом, как бы «сын Ильки» и дополнительное -ов для благозвучия или по аналогии с другими фамилиями). Такая модель встречалась реже, но фиксируется в ономастике: например, фамилия Федькинов от Федька (Фёдор). То есть Илькинов — это вариант, который закрепился в конкретной местности, возможно, под влиянием церковнославянской или приказной традиции, где фамилии на -ов считались более «официальными».

Географически фамилия редкая и тяготеет к Поволжью и Уралу. В переписях XIX века Илькиновы встречаются среди государственных крестьян Вятской губернии, а также в казачьих станицах Оренбуржья. Это не случайно: в среде старообрядцев и крестьян-северян имя Илья было особенно почитаемо, а прозвищные формы вроде Илька не считались уничижительными — наоборот, они передавали домашнюю, бытовую близость.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла быть тюркской. В некоторых тюркских языках «ильк» означает «первый», а суффикс -ин мог указывать на принадлежность. Но тогда логичнее была бы фамилия Илькинов с ударением на первый слог, а в русском произношении ударение обычно падает на второй слог (Ильки́нов), что выдает славянскую природу. К тому же тюркских фамилий с таким окончанием в русском контексте практически нет — это была бы искусственная конструкция.

Так что Илькинов — это, скорее всего, «сын Ильки», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительным именем от Илья. Фамилия не дворянская, не купеческая, а крестьянская или мещанская, с явным следом севернорусского говора и, возможно, старообрядческого уклада.