Фамилия Исандюков — редкая, с неочевидной на первый взгляд основой. Её разбор стоит начать не с корня, а с модели образования, потому что именно она подсказывает, где искать происхождение.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую фамилию: «чей?» — Исандюков, то есть сын Исандюка. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Исандюк. Само имя Исандюк — сложное. Первая часть, Исан, — это хорошо известное в тюркских языках имя, восходящее к арабскому «ихсан» (благодеяние, милосердие) или к более древнему тюркскому корню «исен» (здоровый, благополучный). Вторая часть, -дюк, — это уменьшительно-ласкательный или фамильярный аффикс, характерный для тюркских языков (сравните: Ахметдюк, Байдюк). Получается, что Исандюк — это «маленький Исан» или «Исанчик», ласковое обращение к человеку по имени Исан.

Однако есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых тюркских диалектах «исандюк» могло быть не именем, а прозвищем от глагола «исану» (выздоравливать, поправляться) — так могли назвать ребёнка, который родился слабым, но выжил, или взрослого, перенёсшего тяжёлую болезнь. Но форма с суффиксом -дюк как раз и говорит о том, что перед нами именно уменьшительное имя, а не отглагольное существительное.

Географически фамилия Исандюков почти наверняка связана с Поволжьем или Приуральем — регионами, где веками жили татары, башкиры и другие тюркские народы, активно контактировавшие с русскими. Фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар (кряшенов) или в смешанных русско-татарских семьях, где тюркское имя Исандюк получило русский патронимический суффикс. Документальных подтверждений этому в открытых источниках мало, но словообразовательная модель и ареал бытования редких фамилий на -юков / -дюков указывают именно на эту территорию.

Социальный контекст прост: носитель такой фамилии в XVI–XVII веках, скорее всего, был либо служилым татарином (помещиком или казаком), либо крестьянином, принявшим православие. Дворянских родов с такой фамилией в известных родословных книгах не зафиксировано — это фамилия крестьянская или мещанская, что типично для поздних патронимов из тюркских имён.