Фамилия Исандюкова — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а тюркское мужское имя Исандюк. Разобрать её по составу несложно: корень Исандюк- и суффикс -ов (в женском роде — -а). Такая модель типична для русских фамилий, образованных от полных форм имени: если предка звали Исандюк, то его потомки становились Исандюковыми.

Само имя Исандюк — составное, из двух тюркских основ: «Исан» (здоровый, благополучный, живой) и «дюк» (в разных тюркских языках может значить «сильный», «могучий» или же быть формой слова «тук» — сытый, полный). В целом имя можно перевести как «крепкий здоровьем» или «благополучный и сильный». Такие имена-пожелания были распространены у башкир, татар, казахов и других тюркских народов: родители надеялись, что ребёнок вырастет невредимым и удачливым.

Поскольку фамилия образована по русской модели (суффикс -ов), носители фамилии Исандюковы — это, скорее всего, потомки тюркского рода, который перешёл в русское культурное и языковое пространство, возможно, при крещении или в ходе административного учёта в XIX веке. Встречается фамилия преимущественно в регионах с тюркским населением — в Оренбургской области, Башкортостане, Татарстане, но из-за своей редкости не имеет широкой географии.

Особенность фамилии в том, что она сохранила архаичную полную форму имени без усечения. Многие тюркские имена в русских фамилиях сокращались (например, Исан → Исанов), а здесь имя осталось целиком. Это может указывать на то, что фамилия фиксировалась сравнительно поздно — в XIX веке, когда переписчики уже не переделывали имена на русский лад, а записывали так, как слышали от носителя.

В ономастических справочниках фамилия не упоминается в числе частых, что делает её ценной для семейной истории: каждый носитель Исандюковой — хранитель довольно редкого антропонима, прямо указывающего на имя предка, жившего, вероятно, в XVIII — начале XIX века.