Фамилия Ишуткины (в документах чаще встречается форма Ишуткин) — один из многочисленных примеров того, как русская фамилия рождается из уменьшительного имени. В её основе лежит имя Ишутка, которое, в свою очередь, является одной из народных, обиходных форм крестильного имени Иван. Словообразовательная цепочка здесь характерна для восточнославянской традиции: от полного церковного имени отсекали часть основы и добавляли суффикс субъективной оценки. В случае с Иваном таких вариантов десятки: Ванечка, Ванюта, Иванка, Ишута, Ишутка. Последний, с суффиксом -ут(а)/-утк(а), встречается реже, чем более привычные -к(а) или -ш(а), и это делает фамилию Ишуткиных заметной на фоне однокоренных Ивановых или Ваниных.

Само имя Иван восходит к каноническому Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья», но для понимания фамилии это значение не играет роли — важнее то, что имя было самым распространённым на Руси, а значит, и уменьшительных форм от него было множество. Фамилии на -ин, как Ишуткин, образовывались по простой модели: «чей?» — «сын Ишутки». Суффикс -ин указывал на принадлежность к отцу, и первоначально Ишуткиными называли детей или потомков человека по имени Ишутка.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где суффиксы -ут(а) и -утк(а) встречаются чаще. Встречаются также варианты с другим ударением — Ишуткин (на первый слог) и Ишуткин (на второй), что может указывать на разные диалектные гнёзда. О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс шёл несколько столетий, но в переписных книгах XVII века подобные формы уже фиксируются.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Ишуткин — яркий пример того, как живая народная речь брала верх над официальным именословом. Церковное Иван в быту превращалось в десятки неузнаваемых вариантов, и каждый из них мог дать начало новой фамилии. Ишуткин стоит в одном ряду с Исаевым (от Исай), Илюхиным (от Илья) и другими фамилиями, где исходное имя «спрятано» за редким уменьшительным суффиксом.