Фамилия Ишуткин образована от уменьшительной формы имени Иван — Ишутка. В русской народной традиции имя Иван, восходящее к каноническому Иоанн (с древнееврейского — «милость Божья»), дало десятки производных: Иванко, Ваня, Ванечка, Ишута, Ишутка. Последняя форма с суффиксом -утк- характерна для северных и центральных говоров, где часто «утяжеляли» звучание имени (сравните: Ванютка, Петрутка). Фамилия Ишуткин закрепилась по модели «чей?»: сын Ишутки, то есть потомок человека по прозвищу Ишутка.

Суффикс -ин указывает на принадлежность, типичную для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В отличие от более распространённых фамилий на -ов (Иванов, Петров), Ишуткин встречается реже, что говорит о локальном бытовании исходного прозвища. Географически фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале — в регионах, где активно смешивались переселенческие потоки из центральной России и сохранялись архаичные формы имён.

Словообразовательная цепочка проста: Иван → Ишутка → Ишуткин. В основе нет дополнительных смыслов, кроме уменьшительно-ласкательного оттенка. Ишутка — не отдельное имя, а именно народная переделка канонического Иоанн через форму Иван, что типично для русской ономастики XVI–XVII веков. В документах того времени встречаются и другие варианты: Ишута, Ишутко, но именно форма с суффиксом -к- дала фамилию.

Таким образом, носитель фамилии Ишуткин — потомок человека, которого в быту звали Ишуткой. Фамилия не содержит указания на сословие или профессию, но её редкость и привязка к определённым регионам могут помочь в поиске корней по архивам Нижегородской, Вятской или Пермской губерний.