Фамилия Ишуткина образована от мужского прозвища или уменьшительного имени Ишутка. Эта форма, в свою очередь, восходит к каноническому имени Иван (церковная форма — Иоанн), которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Имя Иван было одним из самых распространённых на Руси, поэтому от него возникло множество уменьшительных и обиходных вариантов: Ишута, Ишутка, Ишуня и другие. Фамилия Ишуткин (а Ишуткина — её женская форма) закрепилась за потомками человека, которого в быту звали Ишуткой.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Ишуткин, то есть сын или потомок Ишутки). Такая модель была особенно распространена в среде крестьян и посадских людей, где фамилии часто возникали из уличных прозвищ или домашних имён. Скорее всего, основатель рода Ишуткиных был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником, чьё имя в документах записывали через обиходную форму.

Интересно, что фамилия Ишуткина встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, что косвенно подтверждает её происхождение от народной формы имени Иван. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли образовываться от полных имён, формы на -ин чаще фиксировали именно прозвищные или уменьшительные варианты. Таким образом, фамилия Ишуткина хранит память о живом, разговорном языке русских деревень, где имя Иван превращалось в десятки ласковых и шутливых производных.