Фамилия Истомахин — один из тех случаев, когда родовое прозвище напрямую указывает на характер или обстоятельства появления предка. В её основе лежит нецерковное имя Истомаха, которое, в свою очередь, является производной формой от более древнего имени Истома.

Имя Истома было широко распространено на Руси в XV–XVII веках. Его давали не при крещении, а в быту, и смысл его был прозрачен: так называли беспокойного, капризного ребёнка, который утомлял родителей своим поведением. Есть и другая версия, не менее правдоподобная: имя могли дать младенцу, который появился на свет после тяжёлых родов, буквально «истомив» мать. В любом случае, прозвище было не оскорбительным, а описательным — в те времена такие имена не считались обидными и давались с пожеланием или для «обмана» нечистой силы.

Форма Истомаха — это ласкательный или уменьшительный вариант с характерным суффиксом -ах-. Такая модель словообразования (ср. Григорий — Гриша — Гришаха, Иван — Иваха) была типична для древнерусской антропонимии. Фамилия же образовалась по простой схеме: Истомаха + -ин, что означает «сын Истомахи» или «принадлежащий Истомахе». Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, а не к роду в целом, как, например, в фамилиях на -ов.

Географически фамилия Истомахин встречается редко, что делает её особенно ценной для тех, кто её носит. Она не относится к числу массовых дворянских или крестьянских фамилий, а скорее сохранилась в отдельных регионах, где закрепилась за одной-двумя ветвями рода. Сравните с однокоренными фамилиями: Истомин (от той же основы Истома) встречается гораздо чаще, а Истомахин — более редкий, «штучный» вариант, который мог возникнуть в конкретной местности, где форма Истомаха была в ходу.

Таким образом, фамилия Истомахин — это не случайный набор звуков, а прямой потомок древнерусского мирского имени, рассказывающего о характере или истории рождения далёкого предка.