Фамилия Истрахова — женская форма, а мужская, Истрахов, образована по отработанной модели: основа плюс суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Истрахов буквально означал «сын Истраха» или «человек из семьи Истраха». Вопрос в том, что скрывается за основой «Истрах».

Самая вероятная версия — прозвище Истрах, которое восходит к глаголу «страхать» или существительному «страх» с приставкой ис-, имеющей усилительное значение. В диалектах, особенно северных и сибирских, «истрах» могли называть очень пугливого человека или, напротив, того, кто наводил страх на окружающих. В народной речи приставка ис- нередко придавала слову оттенок крайней степени: «испугать» — сильно напугать, «истрах» — сильный страх или причина страха. Фамилия могла закрепиться за тем, кто отличался боязливым нравом, или за человеком с суровым, внушительным видом.

Менее распространённая, но не лишённая оснований гипотеза — связь с греческим именем Истрах, которое могло попасть в русскую среду через церковные круги. Имя Истрах (возможно, искажённое Евстратий или от греческого «истрос» — знающий) встречается в святцах, хотя и редко. В этом случае фамилия образована от полного крестильного имени, а не от прозвища. Однако для русской ономастики типичнее превращать в фамилии именно прозвища, особенно с таким ярким корнем, как «страх».

Фамилия Истраховых — редкая. Она не числится в массовых списках дворянских родов и не привязана к какому-то одному региону, но следы её ведут в центральные губернии России и на Урал. Встречается вариант написания с одной «с» — Итрахов, что могло возникнуть из-за упрощения произношения в говорах, где «с» перед «т» выпадала.

Таким образом, предок носителей фамилии Истраховых, скорее всего, получил своё прозвище за характер или внешность — либо был человеком боязливым, либо, наоборот, внушал трепет окружающим. Церковная версия менее вероятна, но полностью исключать её нельзя из-за редкости самого корня.