Фамилия Иутин — одна из тех, что образована от канонического мужского имени через его народную, сокращённую форму. В её основе лежит имя Иута. Это не отдельное крестильное имя, а просторечный вариант целого ряда полных церковных имён, начинающихся на Иу-: Иувеналий (от латинского «юношеский»), Иуда («хвала Богу»), Иулиан (он же Юлиан, «кудрявый»), Иуст («праведный») и Иустиниан («сын Иуста»). В быту длинные и редкие имена часто усекали до короткого и удобного Иута, а от него уже по стандартной русской модели образовали фамилию с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Иутин значит «сын Иуты» или «потомок Иуты».

Суффикс -ин — один из самых распространённых в русских фамилиях, он присоединяется к основам на -а или -я. В данном случае основа Иут- даёт форму Иутин, что типично для фамилий, возникших от прозвищ или имён с конечным -а. Такая модель встречается повсеместно, поэтому назвать точный регион или сословие, где фамилия появилась впервые, сложно. Процесс формирования фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий, и Иутины могли появиться в разных губерниях независимо друг от друга.

Фамилия редкая, и её написание устойчиво — с буквой «И» в начале, что сразу отсылает к церковнославянской традиции. В дореволюционных записях её могли путать с фамилией Ютин (от Юта, народной формы имени Юрий), но это разные корни: Иута восходит к именам с начальным Иу-, а Юта — к Юрию или Георгию. В любом случае, Иутин — памятник тому, как книжные, церковные имена перерабатывались живым языком в короткие и удобные прозвища, которые затем закреплялись за целыми родами.