Фамилия Иваничкин образовалась от уменьшительной формы имени Иван — Иваничка. Само имя Иван восходит к каноническому мужскому личному имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Имя Иван было одним из самых распространённых на Руси, поэтому от него возникло множество уменьшительных форм: Иванец, Иванко, Иваничка и другие. Именно форма с суффиксом -ичк- и легла в основу фамилии.

Суффикс -ин в фамилии Иваничкин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Иванички. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, прозвищ или профессий, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа «Иваничк-» — это разговорный вариант имени, характерный для бытовой речи XVI–XVII веков.

Таким образом, потомок человека по имени Иваничка со временем получил фамилию Иваничкин. В отличие от более распространённых Иванов или Иваничев, эта фамилия сохранила редкий суффикс, который подчёркивает ласкательное, домашнее обращение к предку. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, где имя Иван давалось особенно часто.