Фамилия Иванышин образована от уменьшительной формы одного из самых распространённых на Руси имён — Иван. Исходное имя восходит к каноническому церковному имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». От него в народе возникло множество уменьшительных вариантов: Иванец, Иванча, Иваныш. Фамилия Иванышин — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?», то есть «сын Иваныша». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Иванышин буквально значит «потомок человека по прозвищу Иваныш».

В русской ономастике модель с суффиксом -ышин встречается реже, чем стандартные -ов или -ин, и указывает на конкретную диалектную или разговорную форму имени. Если бы основой было полное имя Иван, фамилия звучала бы как Иванов; форма Иваныш — это ласкательно-пренебрежительное или, наоборот, дружеское обращение. В документах XVI–XVII веков встречаются записи крестьян и посадских людей с прозвищем Иваныш, от которых и пошли современные носители фамилии.

Интересно, что географически фамилия Иванышин тяготеет к центральным и южнорусским регионам — Курской, Воронежской, Тамбовской областям, а также встречается на Украине. Это объясняется тем, что уменьшительная форма на -ыш более характерна для южнорусских и украинских говоров. Таким образом, предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или ремесленниками, которых в быту называли не полным именем, а его домашним вариантом. В отличие от фамилии Иванов, которая могла принадлежать и дворянам, и духовенству, Иванышин — фамилия более демократичная, без сословных претензий, зато с ярким народным колоритом.