Фамилия Кабанен — редкий случай, когда русское прозвище получило нерусскую огласовку. Основа здесь та же, что и у множества фамилий на -ов и -ин: прозвище Кабан. В народной традиции такое имя-оберег давали младенцу, чтобы природа «не заметила» подмены и не забрала ребёнка, а вместо этого наделила его чертами животного — силой, крепостью, упрямством. Взрослого человека могли прозвать Кабаном за грузную фигуру, напористый характер или неуступчивость.

Но интерес представляет не столько основа, сколько суффикс -ен. В русской фамильной системе он почти не встречается — это типично украинский или белорусский патронимический формант (как в фамилиях Коваленко, Гончаренко, но без конечного -ко). Фамилия Кабанен могла возникнуть на территории современной Украины или юга России, где смешивались русские прозвища и малороссийские модели образования фамилий. По другой версии, это русифицированная форма польской или белорусской фамилии, где -ен указывало на принадлежность: «сын Кабана».

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: большинство «кабаньих» фамилий (Кабанов, Кабанюк, Кабанчиков) используют привычные русские суффиксы. Кабанен же — как бы «недостроенная» украинская фамилия, где отсекли конечное -ко, оставив чистый суффикс. Такое встречалось при записи в российских метрических книгах, когда писарь сокращал длинную фамилию на слух.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи — её носители встречаются среди потомков казачества и крестьянства Черниговщины, Полтавщины, Кубани. Дворянского сословия с такой фамилией не зафиксировано: это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища были обычным делом, а фамилии ещё не устоялись.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от финского или карельского корня (ср. карельск. kabanen — «загон для скота»), но она не подкреплена ни географией распространения, ни документальными источниками. Куда правдоподобнее, что перед нами просто русское прозвище, которое «примерило» чужой суффикс, — и в этом вся его необычность.