Фамилия Кабаненко образована по распространённой в украинской и южнорусской ономастике модели с суффиксом -енко. Этот суффикс изначально указывал на «сына» или «потомка»: Кабаненко — буквально «сын Кабана». В XVII–XVIII веках фамилии на -енко стали массово закрепляться за казаками и крестьянами Левобережной Украины, а затем и за переселенцами на юг России.

Основа фамилии — прозвище Кабан. Оно восходит к названию животного — самца свиньи. В древнерусской традиции такие «животные» прозвища давали не для того, чтобы оскорбить, а с обережной целью: считалось, что, называя ребёнка Кабаном, родители «отдавали» его под покровительство природы, желая передать ему силу, выносливость и упрямство зверя. Впрочем, прозвище могло закрепиться и за взрослым человеком — за крепкое телосложение, грубоватый нрав или хозяйственную хватку.

В исторических источниках встречается однофамилец: в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упомянут Кабан Иван, крестьянин, живший в 1627 году. Правда, это ещё не фамилия, а личное прозвище — от него позже и пошли Кабаненко, Кабанов, Кабанюк и другие родственные фамилии.

Интересно, что прозвище Кабан могло иметь и неочевидное происхождение. В некоторых говорах «кабаном» называли не только животное, но и большой стог сена, а также крупный кусок чего-либо (например, кабан сала). Если предок занимался сенокосом или торговлей мясом, прозвище могло отражать его ремесло, а не внешность.

Фамилия Кабаненко — не самая частая, но устойчиво встречается в центральных и восточных областях Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), а также среди потомков переселенцев в Краснодарском крае и Ростовской области. Вариант с окончанием -енко чётко указывает на украинские корни, в отличие, скажем, от русской фамилии Кабанов с суффиксом -ов.