Фамилия Кабатрут — редкая и с трудом поддающаяся однозначному толкованию. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её нерусское, скорее всего, западнославянское или балтийское происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия-прозвище, сложенная из двух основ.

Первый элемент, «каба», может восходить к чешскому, словацкому или польскому «kabát» — пальто, куртка, верхняя одежда. Второй элемент, «трут», вызывает больше вопросов. Самое прямое значение — «трут» (то, чем высекают огонь). В славянских говорах «трут» также могло означать нечто ветхое, трухлявое или, в переносном смысле, нудного, «трущего» человека. Таким образом, «Кабатрут» могло быть прозвищем портного, работавшего с грубым сукном, или человека, который «тёр» (изнашивал) одежду — то есть неряхи или бедняка.

Вероятна и менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть на территории современной Украины или Беларуси под влиянием польского языка. Там «кабат» — не только пальто, но и вид крестьянской одежды, а «трут» — диалектное название кремня или кресала. Тогда прозвище могло принадлежать человеку, который ходил в характерной одежде и носил с собой огниво.

Словообразовательная модель без суффикса (чистая основа) типична для украинских, белорусских и польских прозвищ, которые позже закрепились как фамилии. Найти фамилию Кабатрут в старых ревизских сказках или переписях — большая удача, так как она крайне малочисленна. Географически её стоит искать в западных регионах бывшей Российской империи, где смешивались славянские и балтийские языковые влияния.