Фамилия Кафаров образована от арабского мужского имени Кафар. В переводе с арабского «кафар» означает «всепрощающий» — это один из эпитетов, которым в исламской традиции наделяют Всевышнего. Нарекая ребёнка таким именем, родители желали, чтобы сын рос добрым, великодушным и справедливым человеком, или же вкладывали в имя сакральный смысл, ставя его под защиту этого качества.

По словообразовательной модели фамилия относится к самому распространённому в русской среде типу — патронимическим фамилиям на -ов. Суффикс -ов присоединялся к основе имени отца, и «Кафаров» буквально значит «сын Кафара». Такая модель была типична для народов, долгое время живших в контакте с русскими и воспринявших русскую фамильную форму, но сохранивших при этом национальные имена. Поэтому Кафаровы — это не обязательно потомки этнических русских; фамилия широко встречается у татар, башкир, азербайджанцев и других тюрко-мусульманских народов, где имя Кафар (или его варианты) было в ходу.

Интересная деталь: в русском языке имя Кафар звучит почти как «кафир» — арабское слово, означающее «неверный». Это случайное фонетическое совпадение, не имеющее отношения к значению самой фамилии. Разница в произношении и написании здесь принципиальна: «кафар» (с ударением на второй слог) и «кафир» (с долгим «и») — разные корни.

Процесс формирования фамилий у тюркских народов был длительным и неоднородным. У татар и башкир фамилии в современном виде закрепились в основном к концу XIX — началу XX века, поэтому говорить о точном месте и времени возникновения рода Кафаров можно лишь на основании генеалогических исследований конкретной семьи. Встречаются также варианты написания — Кафаров, Кофаров, и даже окающие формы вроде Кафарев, хотя последние редки.