Фамилия Кафарская — женская форма фамилии Кафарский, и её разумнее рассматривать в мужском варианте, так как исторически фамилии образовывались от отчества или прозвища отца. Кафарский — фамилия с типичным польско-украинским или белорусским суффиксом -ский/-цкий, который указывал на принадлежность к месту или, реже, на дворянское происхождение. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто возникали из отчеств, фамилии на -ский в восточнославянской среде чаще всего давались по названию населённого пункта или усадьбы.

Основа «Кафар» — тёмная и редкая. Самый вероятный путь: фамилия произошла от топонима, например, от названия деревни или хутора Кафары, Кафарка или Кафарово. Такие названия могли возникнуть от прозвища первого поселенца или владельца. Вторая версия — связь с тюркским «кафир» (неверный, иноверец), но это маловероятно для фамилии с польским суффиксом: тюркские корни чаще давали фамилии на -ов (Кафаров). Третий, более экзотический вариант — от греческого «кафаро» (чистый), что могло быть прозвищем в среде греческого или понтийского населения, но и в этом случае суффикс -ский нетипичен.

Географически фамилия Кафарский (и Кафарская) редка. Единичные носители встречаются на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её западнорусское происхождение. Сословно носители такой фамилии могли быть как мещанами или крестьянами, получившими фамилию по месту жительства, так и шляхтой (мелкопоместные дворяне), если их предки владели одноимённым имением. Точных сведений о конкретном населённом пункте Кафары в исторических документах нет, что указывает на локальный, возможно, исчезнувший топоним.

Таким образом, фамилия Кафарская, скорее всего, «географическая»: предок носителя получил её по названию места, где жил или которым владел. Корень остаётся загадочным, но именно эта редкость и делает фамилию интересной для локальной истории — она может быть единственным следом давно забытой деревни или хутора.