Фамилия Какарина — женская форма, мужская — Какарин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Какара. Что оно означало — вопрос открытый, и тут возможны два основных пути.

Первый и самый прямой: диалектное слово «какара» в северных и сибирских говорах означало «коряга», «сучковатый корень», «вывороченное с корнем дерево». Прозвище могли дать человеку коренастому, сутулому или с тяжелым, «корявым» характером. В этом же ряду — глагол «карачить(ся)» (пятиться, идти задом) и слово «коряга»: все они восходят к общеславянскому корню *korka — «нога», «кривой». Человек с искривленной походкой или ногами тоже мог получить прозвище Какара.

Вторая версия — звукоподражательная. «Какара» в некоторых говорах — крик гуся (ср. «гагара», «гоготать»). Прозвище давали за голос, манеру речи, а возможно, и за внешнее сходство с птицей — длинношеему, с вытянутой вперед головой. Эта гипотеза менее распространена, но имеет право на существование.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Какарин — «сын Какары» или «человек из дома Какары». Такая модель типична для прозвищ и нецерковных имен, которые на Руси широко бытовали до XVIII века. Фамилия нередкая, встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — как раз в зоне бытования северорусских говоров, где слово «какара» было в ходу.

Однокоренные фамилии — Какаров, Какаринский, Какаркин. Все они ведут родословную от одного прозвищного корня, но Какарина — самая частая из них.