Фамилия Какаров на первый взгляд кажется простой, но её корень ставит перед исследователем сразу несколько вопросов. Самая вероятная версия — происхождение от прозвища или имени Какар. В русской ономастике слово «какара» имеет два значения: в новгородских говорах так называли гагару (водоплавающую птицу), а в сибирских диалектах — корягу, суковатый пень, торчащий из воды. Прозвище Какар могли дать человеку с длинной шеей, неуклюжему на суше (как гагара), либо, наоборот, сутулому, коренастому и «коряжистому» — по второму значению.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «сын Какара». Фамилия образована по тому же принципу, что и Гагаров, Коряков, Кочкаров. Встречается она преимущественно в регионах, где были распространены новгородские и северные говоры, а также у потомков переселенцев в Сибирь. Это не редкая, но и не массовая фамилия: её носители живут в основном на Урале, в Западной Сибири и в некоторых областях Центральной России.

Спорный момент — возможная тюркская основа. В тюркских языках (кумыкском, карачаево-балкарском) существует слово «къакъар» со значением «высыхать», «черстветь», а также личное имя Какар, образованное от этого глагола. Однако для фамилии Какаров эта версия менее убедительна: в тюркских фамилиях редко встречается суффикс -ов в такой форме, чаще — -лы, -улы или -оглы. Скорее всего, южные носители фамилии — это обрусевшие потомки крещёных татар или башкир, где русский суффикс «наложился» на местную основу.

С точки зрения словообразования фамилия необычна тем, что её основа — омоним, совпадающий с детским словом «кака». Из-за этого в XX веке некоторые носители могли менять фамилию, но массового исчезновения не произошло. В дореволюционных метрических книгах встречаются записи о крестьянах и мещанах с этой фамилией, в основном из Вятской и Пермской губерний. Сословная принадлежность предков — почти исключительно крестьянство, никакого дворянского или купеческого корня у Какаровых не прослеживается.