Фамилия Каланеп — редкая и необычная для русского слуха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а эстонское или финно-угорское. В эстонском языке слово «kala» означает «рыба», а «näpp» — «палец». Составное прозвище «Kalanäpp» (Каланеп) можно перевести как «рыбный палец» или, вероятнее, «палец рыбака» — то есть человек, который ловит рыбу руками или искусно с ней управляется. Учитывая, что в прибалтийских губерниях Российской империи фамилии часто давались по ремёслам и бытовым прозвищам, эта версия самая прямая и правдоподобная.

Интересно, что фамилия сохранила эстонское написание и произношение, практически не русифицировавшись. В русском языке она не разлагается на привычные суффиксы -ов, -ин или -ский, так как не прошла типичную для великорусских фамилий модель образования. Это говорит о том, что носитель фамилии или его предки, скорее всего, были эстонцами или выходцами из Прибалтики, которые переселились в другие регионы, но сохранили фамилию в исходной форме. Встречаемость фамилии крайне низкая, и её география может быть связана с местами расселения эстонских общин — например, в Сибири, куда ссылали участников национальных движений, или в Ленинградской области.

Вторая, менее вероятная версия — что фамилия могла быть искусственно создана при переходе на русские фамилии из какого-то местного диалекта или искажена при записи. Но эстонская этимология настолько прозрачна, что альтернативные гипотезы (например, связь с каким-либо тюркским корнем) не выдерживают критики: ни по звучанию, ни по ареалу распространения. Таким образом, Каланеп — это фамилия-профессия, прямо указывающая на занятие предка: рыболовство или обработка рыбы, и одновременно — маркер эстонского происхождения семьи.