Фамилия Калиньяк — редкий случай, когда форма слова хранит сразу две возможные истории происхождения, и обе одинаково правдоподобны. Первая версия ведет к церковному имени Каллиник. Имя это греческое, составленное из слов kallos («добрый», «прекрасный») и nike («победа»), то есть «добрый победитель». В народе полное имя сокращали и переиначивали на свой лад, и Калиньяк — одна из таких разговорных форм, наряду с более привычными Калина, Калин, Калиня. Модель образования фамилии здесь простая: основа Калин- плюс суффикс -як, который в русских и украинских фамилиях часто указывал на принадлежность или характерный признак: «сын Калины» или «человек, связанный с Калиной».

Вторая версия не менее убедительна и уводит в мир языческих прозвищ. Калина — кустарник с ярко-красными горькими ягодами. Прозвище Калина в старину давали человеку с румяным лицом, горячим нравом или же тому, кто был «красен», как ягода, но с горчинкой. В этом случае фамилия Калиньяк — отчество от прозвища Калиня, то есть потомок того самого Калины. Спор между версиями решается просто: обе имели место. В крестьянской среде, где имена и прозвища нередко смешивались, фамилию могли образовать как от уменьшительного Каллиника, так и от уличного прозвища. География фамилии подсказывает, что её корни — в западнорусских и украинских землях, где суффикс -як особенно распространен: в Белоруссии и на Правобережной Украине таких фамилий много. В отличие от типичных русских фамилий на -ов или -ин, Калиньяк выдает юго-западное происхождение предков.