Фамилия Калисратова — редкий случай, когда прямое значение исходного слова почти полностью стерлось, а корень вызывает споры даже у специалистов. Главная сложность в том, что в русском языке нет слова «калисрат», которое что-то бы значило. Поэтому разбор фамилии приходится начинать не с основы, а с поиска того, как она могла возникнуть.

Самый вероятный путь — греческий. Фамилия явно несет на себе отпечаток греческого влияния, что типично для юга России, особенно для территорий бывшей Таврической губернии, кубанских и донских станиц, а также для среды греческого духовенства. Первая часть «Кали-» может восходить к греческому «калос» (красивый, хороший) или «кали» (гнездо, хижина). Вторая часть «-срат» — искаженное «стратос» (войско, армия) или «кратос» (сила, власть). Таким образом, «Калисрат» могло быть прозвищем в значении «красивая сила» или, что правдоподобнее, «добрый воин». Однако это лишь реконструкция: в русском языке прилагательное «калисратов» закрепилось как отчество или прозвище, которое уже не переводилось.

Другая версия, менее экзотичная, но тоже возможная, — искусственное происхождение. В среде семинаристов и священников было принято образовывать фамилии от греческих корней, чтобы придать им благообразие. Калисратов могло быть «кабинетной» фамилией, данной выпускнику духовного училища, которому не подошла простонародная фамилия отца. В этом случае носитель фамилии мог быть потомком священно- или церковнослужителя, а сама фамилия — калькой с греческого имени или прозвища, которое придумали на ходу.

Суффикс -ов указывает на модель «чей?» — сын Калисрата. То есть в основе лежало личное имя или прозвище Калисрат, которое в русском быту звучало как полное имя, хотя в святцах его нет. Это могло быть и народное переосмысление редкого канонического имени — например, искаженное «Каллистрат» (греч. «прекрасный воин»). Если это так, то фамилия Калисратова — просто сокращенный и обрусевший вариант фамилии Каллистратов, который со временем потерял одну букву «л» и изменил звучание.

Географически фамилия тяготеет к южным областям России, но не массовая. Встречается в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в среде потомков греческих переселенцев. Учитывая редкость, можно предположить, что все современные носители фамилии — потомки одного общего предка, который получил это прозвище в XVIII–XIX веках.