Фамилия Калькеева — редкий случай, когда основа не бросается в глаза, а суффикс подсказывает происхождение. Она образована по самой распространённой русской модели с суффиксом -ев, но от имени или прозвища, которое явно не славянского корня. В русских фамилиях суффикс -ев присоединяется к основам на мягкий согласный или на -й, и здесь мы видим основу Калькей-.

Скорее всего, в основе лежит тюркское мужское имя Калькей (Калкей, Калкай). В казахском, башкирском и татарском именослове встречаются имена с корнем «кал» — «оставайся», «живи», часто с пожелательным значением (например, Калкаман — «останься невредимым»). Имя Калькей могло быть уменьшительно-ласкательной формой от подобных имён. Фамилия, таким образом, означает «потомок Калькея». Географически фамилия Калькеева чаще всего встречается у народов Поволжья и Урала — у башкир и татар, что подтверждает тюркскую основу. В русском контексте она могла закрепиться в результате межэтнических контактов или крещения, когда тюркское имя становилось основой для фамилии по русской модели.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем от диалектного слова «калька» (в некоторых говорах — «калека», «хилый человек»). Однако такая версия слаба: суффикс -ев при прозвище на -а обычно даёт фамилию Калькин, а не Калькеев. Форма Калькеева однозначно указывает на имя, а не на качество.

Таким образом, фамилия Калькеева — это типичный пример того, как тюркское личное имя «обрусело» через суффикс принадлежности. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были людьми, которых в семье или в общине звали по имени Калькей, а их дети и внуки уже получили фамилию по отцу. Сословных ограничений фамилия не несёт: её могли носить и крестьяне, и служилые люди из тюркской среды.