Фамилия Кальмина — довольно редкая, и её происхождение ведёт не к веществу «кальмин» (цитрату кальция), а к личному прозвищу Кальма. Связь с названием минерала или жемчужного сырья ошибочна: такие термины не использовались в народной среде для именования людей. В основе прозвища, скорее всего, лежат эстонские корни. Здесь возможны две версии, и обе имеют право на существование.

Первая возводит прозвище к эстонскому глаголу kallama — «лить, наливать». Такое прозвище мог получить человек, занятый розливом жидкостей, или же тот, кто жил у реки, переправы, где постоянно что-то «лилось» через край. Вторая версия связывает основу с существительным kalm — «могила». Прозвище Кальма в этом случае могли дать человеку угрюмому, молчаливому, либо тому, кто жил рядом с кладбищем или работал могильщиком.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кальмин, то есть сын или потомок Кальмы. Женская форма Кальмина закрепилась в документах как вариант фамилии для женщин. География фамилии тяготеет к северо-западу России, особенно к территориям, исторически связанным с Прибалтикой и Эстонией — Псковской, Ленинградской областям. Это косвенно подтверждает эстонскую версию происхождения прозвища.