Фамилия Кальней — редкий пример, где основа ясна, а вот как именно она закрепилась за человеком, можно только гадать. В её основе лежит украинское прилагательное «кальний», то есть «грязный», «болотистый», «заболоченный». Слово это родственно «кал» (грязь, ил) и «калюжа» (лужа). Поэтому первое, что приходит в голову: прозвище Кальней дали человеку, чей дом стоял в сырой низине, где земля не успевала просыхать, или тому, кто жил у болота.

Однако прозвища редко бывают однозначными. «Грязным» на селе могли назвать и неряшливого, неаккуратного мужчину. Но есть и третья, более конкретная версия: так называли человека «грязной» работы. В старину это мог быть красильщик тканей (крашение — процесс неизбежно грязный, с чанами и едкими составами) или, шире, тот, кто по роду занятий постоянно пачкался — например, кожевник или смолокур.

Словообразовательная модель здесь необычна для русской фамилии. Суффикса -ей в русском языке нет, а в украинском он встречается в прозвищах и именах (ср. Грицей, Андрей). Это указывает на то, что фамилия Кальней — скорее украинского или южнорусского происхождения, сформированная не по типичной модели на -ов/-ин, а как застывшая форма прозвища в именительном падеже. Такие фамилии чаще встречаются на западе и юге России, в регионах, граничащих с Украиной.

Версия, что прозвище дали из-за болотистой местности, кажется самой правдоподобной: топографические прозвища (по месту жительства) — одни из самых распространённых. Они не несут оценки человека, а просто описывают его двор или участок. Оценочная версия («неряха») слабее, потому что в украинском для этого есть более ходовые слова. А вот «профессиональная» версия с красильщиком — вполне реальна, но проверить её по документам уже невозможно: письменных свидетельств о занятиях первых носителей фамилии Кальней не сохранилось.

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова эта фамилия не упоминается, что подтверждает её редкость и локальный характер. Встречается она в основном на территории Украины и в южных областях России, изредка — в Беларуси. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Кальне́й.