Фамилия Калнышев — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка перевешивает прозвищную. Её ядро — слово «калныш», которое в южнорусских и украинских говорах означало «ком земли» или «глыба». Но здесь важнее не сам предмет, а то, как фамилию носили: по одной из версий, Калнышем могли прозвать коренастого, плотного человека — «как ком земли сбитого». Однако есть и более конкретная версия, и она связана с топонимом.

На юге России и в Восточной Украине встречаются несколько населённых пунктов с названием Калныш — например, хутор в бывшей Воронежской губернии. В таком случае фамилия Калнышев — это типичное «географическое» окончание -ев, указывающее на выходца из этого места: «калнышевский» → «Калнышев». Сравните с фамилиями Ростовцев, Брянцев, где принцип тот же: человек, пришедший оттуда-то.

Суффикс -ев, а не -ов, появляется после мягкой или шипящей основы: в данном случае — после «ш». Модель образования стандартная для русских фамилий XIX века: основа на -а/-я или на мягкий согласный даёт -ев. Поэтому Калнышев — не искажение, а закономерная форма. Если бы основа звучала как Калнышов, это указывало бы на иной диалектный вариант ударения или на более позднюю запись.

Версия о происхождении от украинской фамилии Калныш (без суффикса) тоже имеет право на существование. В украинской ономастике фамилии на -ыш нередко образовывались от прозвищ с уменьшительным оттенком. Но в русском контексте Калнышев — это почти всегда отчество-патроним, то есть «сын Калныша», где Калныш — либо прозвище отца, либо его «деревенское» имя по месту рождения.

Что касается сословной принадлежности — никаких данных о дворянском гербе или столбовом происхождении Калнышевых нет. Фамилия встречается в крестьянских и мещанских записях южных губерний: Курской, Воронежской, Харьковской. Носители её — люди, чьи предки скорее всего пахали землю или жили в небольших хуторах, откуда и вынесли своё прозвище-топоним.

Единственная известная историческая фигура с похожей фамилией — Пётр Калнышевский, последний кошевой атаман Запорожской Сечи. Но здесь важно не путать: Калнышевский — фамилия на -ский, образованная от того же корня, но с польско-украинским дворянским суффиксом. Калнышев — форма более простая, народная, без претензии на шляхетство.