Фамилия Калтын — редкий случай, когда основа говорит о прозвище, а не об имени или профессии. Скорее всего, она образована от слова «калтык» — так в южных и центральных говорах называли пищевод, горло, а иногда и зоб у птицы. Прозвище Калтык могли дать человеку с заметной особенностью — например, с большим кадыком, хриплым голосом или привычкой громко, с натугой глотать. В основе лежит не оскорбление, а бытовая наблюдательность: в деревне любая приметная черта быстро становилась уличным именем.

Суффикс -ын в фамилии Калтын — один из самых редких в русской модели. Обычно фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Кузьмин, Ильин), а здесь мы видим окончание на твёрдый согласный, что нетипично. Это может говорить о диалектном или искажённом варианте: возможно, первоначальная форма была Калтыкин или Калтыков, а со временем упростилась до Калтын. Другая версия — фамилия вовсе не русского происхождения, а тюркская: в татарском и башкирском «калтын» означает «топь», «зыбкое болото», и прозвище могли дать человеку, жившему у трясины, или переселенцу из такой местности. Но эта гипотеза слабее, потому что фамилия почти не встречается в Поволжье и на Урале, где тюркское влияние сильно.

География фамилии узкая. Основные носители Калтын зафиксированы в Курской и Воронежской областях, а также на Кубани — то есть в зоне южнорусского наречия, где слово «калтык» было в ходу. Это косвенно подтверждает версию о прозвищном происхождении. Встречаемость фамилии крайне низкая: по открытым данным, в России её носят не более нескольких сотен человек, и она не имеет дворянских корней — в родословных книгах Калтыны не значатся.

Фамилия Калтын стоит в ряду других «горловых» прозвищных фамилий — Глоткин, Горлов, Кадыков. Но её отличает редкий суффикс и возможная двойная этимология: либо чисто русская, бытовая, либо тюркская, ландшафтная. Поскольку документальных подтверждений ни одной из версий нет, наиболее правдоподобной остаётся первая — от «калтык» в значении «горло» с диалектным изменением окончания.