Фамилия Канчуков образована от прозвища Канчук. В его основе лежит тюркское слово «канчук» — так называли ременную плеть, казачью нагайку. Прозвище могли дать погонщику скота или объездчику лошадей — человеку, который постоянно работал с плетью. Не исключён и другой вариант: прозвище получал суровый, даже жестокий человек, например, тот, кто приставлялся к телесным наказаниям.

Модель образования фамилии проста: к основе Канчук добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, указывающий на прямого потомка. Получается: «сын Канчука» или «из рода Канчука». Суффикс этот — самый распространённый в русских фамилиях, но в паре с тюркским корнем он даёт ясный отпечаток южных или восточных земель, где такие контакты были обычны.

Написание фамилии устойчивое, с буквой «о» в окончании, что характерно для фамилий, сложившихся в великорусской среде. Если бы фамилия закрепилась на Украине или в Белоруссии, она могла бы звучать как Канчук или Канчукенко. Сравните с однокоренными Нагайкин, Плетнёв — все они вышли из одного бытового ряда, из мира вещей и занятий, а не имён.