Фамилия Кандаря — редкий случай, когда географический след читается почти без словаря. Ее основа, Кандарь, с большой вероятностью восходит к тюркскому корню, а конкретно — к слову «кантар» или «кандара». В тюркских языках так называли безмен, ручные весы, а также единицу веса. Прозвище Кандарь могли дать либо торговцу, работавшему с весами, либо сборщику податей, который взвешивал товары для пошлины. Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от названия села Кандары в Азербайджане или похожих топонимов в Средней Азии: тогда фамилия указывала бы на выходца из этого места.

Модель образования фамилии необычна для русского ономастикона. Окончание -я, скорее всего, передает молдавское или румынское влияние (ср. фамилии Кандаря, Кандареу). На территориях Бессарабии, где веками жили рядом молдаване, украинцы и гагаузы, фамилии с таким финалем — норма. Если бы фамилия формировалась в центральной России, она звучала бы как Кандарев или Кандарин. Форма Кандаря выдает южные, причерноморские корни — возможно, предки жили на землях современной Одесской области или Молдовы.

В польской и украинской традиции суффикс -арь (-ар) часто указывал на род занятий: бондарь, писарь, кобзарь. Кандарь в этом ряду — «весовщик». Прозвище было бытовым, а не сословным: весы в сельской торговле использовал не только купец, но и приказчик помещика, и сельский староста. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, что подтверждается отсутствием громких исторических носителей в дореволюционных справочниках.

Спор о корне решается просто: версия с весами убедительнее топонимической, потому что прозвища по ремеслу давали повсеместно, а переселенческие фамилии от редких сел — реже. К тому же в списках жителей Бессарабии XIX века встречаются Кандари с пометкой «торговцы» — косвенное, но весомое свидетельство.