Фамилия Канойко звучит необычно для русского уха, и это подсказка: перед нами украинская фамилия, образованная по южнорусской модели. Суффикс -енко (в данном случае в форме -ойко) — один из самых распространённых в украинской ономастике, он указывает на происхождение по отцу: «сын такого-то» или «потомок такого-то». В украинском языке суффикс -енко даёт уменьшительно-почтительный оттенок, а в фамилиях закрепился как обозначение рода. Фонетическая особенность — переход -енко в -ойко: это характерно для говоров западных и центральных областей Украины, особенно для Подолья и Волыни. То есть Канойко — это «сын Каноя» или «маленький Каной».

Основа фамилии — имя или прозвище Каной. Скорее всего, это не календарное церковное имя, а мирское прозвище. В украинском языке слово «каній» или «кано» могло относиться к чему-то изогнутому, кривому (сравните с польским «kaniasty» — кривой). Но более вероятна другая версия: прозвище могло произойти от диалектного «каня» — так в некоторых регионах называли коршуна или канюка (хищную птицу). Человек с таким прозвищем мог отличаться острым зрением, хищным нравом или, наоборот, быть тощим и длинноносым, как птица. В белорусском языке «каня» — это ещё и «кляча», плохая лошадь, что тоже могло стать прозвищем.

Стоит отметить, что фамилия Канойко — редкая. В отличие от массовых Коваленко или Шевченко, она не встречается сплошным массивом, а привязана к конкретным сёлам. По данным современных переписей, носители живут в основном в Винницкой и Хмельницкой областях Украины, а также в прилегающих районах Молдовы. В России фамилия почти не встречается, кроме потомков переселенцев с Украины. Социально предки Канойко — скорее всего, крестьяне или казаки, так как суффикс -енко в XVII–XVIII веках активно закреплялся именно в казацкой среде как обозначение рода.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближайшие аналоги — Каноненко, Канивец, Канищев. Но у Канойко своя изюминка: редукция гласных и сужение «е» до «о» — яркий диалектный признак, который сразу выдает корни носителя. В документах XIX века фамилию могли записывать по-разному: Канойко, Канайко, Канойка (женский вариант). В итоге Канойко — это не загадка, а чёткий маркер украинского происхождения из западных областей, с прозвищем, связанным либо с птицей, либо с изогнутым предметом.