Фамилия Каныштаров — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, нужно отбросить типовой суффикс -ов и посмотреть на основу «Каныштар». Скорее всего, перед нами не славянское, а тюркское слово, адаптированное русским окончанием.

Наиболее вероятная версия: основа «каныш» или «канышты» восходит к тюркским языкам, где «кан» означает «кровь» или «родня», а «ыш» — суффикс, образующий отвлечённые понятия. В ряде тюркских диалектов «каныш» — это «родственник», «свой человек», а «каныштар» — множественное число, то есть «родня», «сородичи». Тогда прозвище Каныштар мог получить человек, который жил большой семьёй, был главой рода или просто отличался гостеприимством и множеством родственников. Фамилия Каныштаров буквально означает «принадлежащий к роду Каныштаровых» или «сын того, кого звали Каныштар».

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий нерусского происхождения: тюркское имя или прозвище на согласную + русский суффикс принадлежности -ов. Без этого суффикса фамилия звучала бы как Каныштар, но в русской среде её «обрусили».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские и славянские народы: Поволжье, Урал, Западная Сибирь, а также к казачьим областям. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного родоначальника в конкретном селе или станице.

Стоит упомянуть альтернативную гипотезу: в некоторых говорах «каныш» — это искажённое «камыш» (тростник). Но тогда форма была бы «Камыштаров», а не «Каныштаров», к тому же суффикс -тар нехарактерен для русских названий растений. Поэтому версия с «роднёй» выглядит гораздо убедительнее.

Сословная принадлежность носителей фамилии не зафиксирована в открытых источниках, но по модели образования можно предположить, что это фамилия крестьянская или казачья, без дворянских корней. Дворянские фамилии такого типа обычно оформлялись через -ский или имели более прозрачную основу.