Фамилия Капалыгина — женская форма, а её основа мужская — Капалыгин. Фамилия эта редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Главная трудность — в корне «капалыг-», который не встречается в современных словарях в качестве самостоятельного слова. Однако словообразовательная модель указывает на прозвищное происхождение, причём с характерным восточнославянским суффиксом -ыг(а).

Суффикс -ыг(а) в русских прозвищах и фамилиях — штука нечастая, но выразительная. Он придаёт слову оттенок просторечия, иногда пренебрежения или шутки. Сравните: «бродяга» (от бродить), «растяпа» (от растяпать), «бедняга». Скорее всего, в основе лежит глагол «капать» или «копать». Если отталкиваться от «капать», то «капалыга» — это человек, который капает, то есть либо нудный, докучливый (как капающая вода), либо, в диалектах, тот, кто работает медленно, «капает по капле». Если же корень восходит к «копать», то «капалыга» могло быть прозвищем землекопа, копальщика — человека, занятого тяжёлой физической работой по выемке грунта. Чередование гласных о/а в корне (коп-/кап-) в безударном положении — явление обычное для живой речи.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где были распространены прозвища на -ыга. Встречаются единичные записи Капалыгиных в Тамбовской и Воронежской губерниях, что косвенно подтверждает связь с земледельческим или строительным ремеслом. В дворянских родословных книгах фамилия не числится — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвище давалось по занятию или характерной черте поведения.

Таким образом, Капалыгин — это потомок человека, которого в деревне прозвали Капалыга. Кем он был — копальщиком, медлительным работником или просто нудным человеком — сегодня уже не установить, но само прозвище звучало ёмко и наверняка было широко известно в своей округе.