Фамилия Капанджян — армянская, и её основа, скорее всего, связана с прозвищем Капанджи. Что оно означало — вопрос открытый, и у исследователей есть как минимум две версии, каждая со своей логикой.

Первая версия — топонимическая. Прозвище Капанджи могло произойти от названия города Капан на юго-востоке Армении (в марзе Сюник). Капан — древнее место, известное с V века; в X веке царь Смбат II сделал его столицей Сюникского царства. Если предок носителя фамилии был родом из этих мест или имел с ними прочную связь, его могли прозвать «капанджи» — то есть «капанец», «выходец из Капана». Такая модель образования фамилий по названию родного города или села в Армении встречается часто.

Вторая версия — профессиональная или прозвищная. Армянское слово kapan означает «связка», а турецкое kapan — «ловушка, западня». В турецком и армянском языках, которые веками соседствовали, такие заимствования не редкость. Соответственно, прозвище Капанджи могли дать охотнику, ставившему капканы, или, реже, человеку, который вязал снопы или пучки чего-либо.

Сама фамилия образована по типичной армянской модели с суффиксом -ян (в старой орфографии -янц), который указывает на принадлежность к роду или клану. Первоначально форма Капанджян значила «из рода Капанджи» или «потомок Капанджи». То есть сначала возникло прозвище (по месту жительства или по занятию), а затем оно закрепилось за семьёй как наследственное имя.

Выбрать одну из версий однозначно трудно: обе правдоподобны. Но если опираться на географию, то фамилия Капанджян чаще встречается среди армян, чьи корни уходят в Сюникскую область, что делает топонимическую версию чуть более весомой.