Фамилия Капаруллина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — мужская фамилия Капаруллин, которая образована по типичной русской модели отчества с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Капаруллин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Капарулла.

Вот здесь и начинается главная загадка. Прозвище Капарулла звучит как тюркское или арабо-тюркское имя. Скорее всего, в его основе лежит имя Капарулла, которое можно разбить на две части: «капар» (в тюркских языках может означать «кабан», «вепрь» — символ силы и упрямства) и «улла» (арабское «Аллах», «бог»). В таком случае имя Капарулла — это сложносоставное имя, где первая часть указывает на звериную силу, а вторая — на связь с божественным. Такие имена встречались у татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, где ислам смешивался с местными традициями.

Вторая, более прозаичная версия, — что это прозвище от глагола «капарулить» (в диалектах — «караулить», «сторожить», «подглядывать»). Если так, то Капарулла — это вариант прозвища Капаруля, то есть «сторож» или «дозорный». Но суффикс -улла в этом случае выглядит чужеродным: для русского прозвища скорее ожидалась бы форма Капаруля, а не Капарулла.

Учитывая редкость фамилии, скорее всего, её носители — потомки крещёных татар или мишарей, которые приняли православие, но сохранили родовое имя. Фамилия не получила широкого распространения, не попала в дворянские родословные и осталась в среде крестьян или мещан. Географически её стоит искать в юго-восточных регионах России — в Татарстане, Башкирии, Оренбуржье, где такие тюркские основы были переработаны русскими суффиксами.

Встречается ли она в документах XIX века — вопрос открытый: из-за малой известности фамилия могла искажаться при записи (Капарулин, Капарулов, Капаруллин). Но именно форма Капаруллина — женский вариант от Капаруллин — указывает на то, что перед нами фамилия, которая закрепилась в русской грамматике.