Фамилия Капиничев — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, причем с непрозрачной на первый взгляд мотивировкой. Если отбросить патронимический суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «сын Капинича»), в центре оказывается основа «Капинич». А она, в свою очередь, восходит к диалектному или архаичному слову «капина» — так в некоторых говорах называли большую копну сена или стог. Человек, получивший прозвище Капинич, мог быть крестьянином, который сбивал копны, либо владельцем особенно крупного стога, либо просто коренастым, плотным человеком, которого сравнивали с копной.

Словообразовательная цепочка здесь нестандартна: сначала от существительного «капина» образовано прозвище Капинич (с помощью суффикса -ич, часто дававшего отчества или прозвища по отцу), а затем от этого прозвища — фамилия Капиничев. Такая модель (прозвище на -ич + -ев) встречается реже, чем прямое присоединение -ов к основе, и характерна для северных и центральных областей России, где -ич в прозвищах был жив дольше. В южных говорах форму «капина» могли произносить иначе, с ударением на второй слог, что тоже повлияло бы на написание, но в фамилии закрепился северный вариант.

Вторая, менее вероятная версия, связывает основу с греческим именем Капитон (от лат. capito — «головастый»). В таком случае Капинич — это краткая форма от Капитон, а фамилия — отчество от этой формы. Однако против этой версии говорит редкое для русских фамилий окончание -ичев (обычно от Капитона образовывали Капитонов). Поэтому прозвищное происхождение от «капины» выглядит убедительнее.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам — в дворянских родословных книгах Капиничевы не зафиксированы. Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Костромской и Архангельской областям, что совпадает с ареалом бытования слова «капина». Встречаемость фамилии низкая, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: если вы Капиничев, ваши корни почти наверняка лежат на Русском Севере, в среде сенокосного крестьянства.