Фамилия Капичина — редкий случай, когда суффикс подсказывает больше, чем корень. Она образована по модели, типичной для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Капичин). Но основа здесь не мужское имя, а прозвище или женское имя Капича. Если бы фамилия произошла напрямую от мужского имени Капитон (редкая форма канонического Капитон), мы бы скорее ждали форму Капитонов. Суффикс -ин в этом случае закрепился за основой, оканчивающейся на -а, — значит, исходное слово звучало как Капича.

Что такое Капича? Скорее всего, это разговорная форма крестильного имени Капитолина (от латинского «капитолийский»). В русских деревнях имена часто усекали: Капитолина → Капа, Капиша, Капича. Фамилия тогда означала «дочь или жена Капичи», то есть женщины по имени Капитолина. Такое возможно, если мать в семье была главной кормилицей или хозяйкой, а фамилию детям давали по матери (редкий, но бытовой вариант матримониального прозвища).

Версия с прозвищем тоже правдоподобна. В некоторых говорах «капич» — диалектное слово, связанное с «капать» или «капля». Прозвище Капича могли дать человеку с мелкими чертами лица, невысокому, либо, наоборот, тому, кто постоянно «капал» на нервы — капризному или плаксивому. Но прямых словарных фиксаций такого прозвища в общерусских источниках нет, так что это только предположение.

Географически фамилия Капичина редкая. Встречается в основном в Поволжье и на юге России (Волгоградская, Ростовская области), что косвенно подтверждает связь с народной формой Капитолина — эти регионы долго сохраняли архаичные антропонимические модели. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, в родословных книгах она не числится, что типично для крестьянских и мещанских фамилий, возникших в XIX веке при массовой паспортизации.

Однокоренных фамилий мало: Капич, Капичев, Капичников. Все они, скорее всего, восходят к тому же корню — либо к имени Капитолина, либо к прозвищу Капич. Фамилия Капичина стоит особняком благодаря суффиксу -ин, который закрепился именно за формой женского рода, что делает её своеобразным ономастическим маркером: предок нёс фамилию не по отцу, а по матери или по её прозвищу.