Фамилия Капион — редкая и с неочевидной этимологией. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать не столько корень, сколько модель, по которой она образована, и возможные исходные прозвища или имена.

Скорее всего, фамилия имеет искусственное или семинарское происхождение. В русской традиции фамилии на -он нехарактерны для крестьянской среды; они чаще встречаются у духовенства, где фамилии создавали из латинских или греческих слов. Капион может восходить к латинскому capio — «беру, захватываю», или к caput — «голова». В семинарской практике фамилии давали по торжественным понятиям: «Капион» могло означать «взятый», «посвящённый» или быть переделкой греческого имени Капитон (от лат. capito — «большеголовый»). Если это так, то предок носителя фамилии был либо выпускником духовной семинарии, либо получил фамилию при поступлении.

Другая, менее вероятная версия связывает Капион с диалектным словом «капа» — «шапка, колпак». В этом случае фамилия могла быть прозвищем человека, носившего характерный головной убор, но тогда ожидалась бы форма Капин или Капкин. Суффикс -он указывает на иноязычное влияние, что делает бытовое происхождение сомнительным.

Географически фамилия крайне редка. В дореволюционных источниках она изредка встречается среди мещан и купцов центральных губерний, а также в среде духовенства. В современной России носителей Капион можно пересчитать по пальцам, что подтверждает её элитарное или искусственное происхождение.

Таким образом, если ваши предки носили фамилию Капион, с высокой вероятностью они были связаны с церковной или образованной средой — либо как священники, либо как учителя, получившие фамилию в семинарии. Это не крестьянская и не дворянская фамилия, а скорее «книжная», созданная по латинскому образцу.