Фамилия Каплуновские (в мужском роде — Каплуновский) образована по типичной для славянских земель модели с суффиксом -ск(ий). Такие фамилии чаще всего указывают на географическое происхождение: их давали человеку по названию местности, откуда он был родом или где владел землёй. Основа Каплун- в данном случае — это топоним: на территории современных Украины, Беларуси и Польши встречаются селения с названием Каплуновка, Каплуново или Каплуны. Например, Каплуновка есть в Харьковской области, а Каплуны — в Витебской.

Корень каплун имеет два объяснения. Первое — прямое: каплуном в птицеводстве называли кастрированного петуха, откармливаемого на мясо. Второе, более вероятное для фамилии, — прозвище Каплун мог получить человек по сходству с этой птицей (например, за полноту или важную походку) либо по роду занятий — птицевод или торговец птицей. От такого прозвища сначала возникло название деревни (Каплуновка — «деревня Каплуна»), а уже от неё — фамилия переселенцев, которые ушли в другую местность и стали «Каплуновскими», то есть выходцами из Каплуновки.

Модель на -ский/-цкий в XVI–XVII веках была особенно популярна среди шляхты и духовенства на землях Речи Посполитой, но со временем распространилась и на другие сословия. Поэтому носители фамилии Каплуновские могли принадлежать как к мелкой шляхте, так и к крестьянам или мещанам, получившим фамилию по месту рождения после отмены крепостного права. Безусловно, фамилия Каплуновский представляет собой замечательный памятник славянской культуры, но точное время и место её возникновения для конкретной семьи можно установить только через генеалогические разыскания в метрических книгах и ревизских сказках.