Фамилия Каплуненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала главным способом образовывать фамилии у казаков и крестьян Левобережной Украины. Суффикс -енко в этой системе означал «сын» или «потомок», то есть Каплуненко — буквально «сын или потомок Каплуна». Вся информация о происхождении фамилии упирается в прозвище Каплун.

Прозвище Каплун в украинской и южнорусской среде имело два значения. Первое — прямое, бытовое: каплуном называли кастрированного петуха, откормленного на убой. Такое прозвище могли дать либо птицеводу, который держал много каплунов, либо человеку с повадками холёного, важного петуха. Вторая версия, менее очевидная, но исторически обоснованная, связана с профессией: на юге России и Украины «каплун» — это не только птица, но и старинное название торговца каплунами, то есть человека, который разводил и продавал откормленную птицу на ярмарках. В обоих случаях прозвище уходит корнями в сельский быт и хозяйство.

Географически фамилия Каплуненко сосредоточена в центральных и восточных областях Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской, а также в приграничных районах России. Это типичная фамилия казацкого или крестьянского сословия, и её носители в ревизских сказках XVIII–XIX веков чаще всего значатся как «малороссийские казаки» или «государственные крестьяне». Дворянской ветви у Каплуненко не возникло, что подтверждает её простонародное происхождение.

Особенность фамилии в том, что она сохранила архаичную основу «каплун», которая уже в XIX веке стала вытесняться более современным словом «каплун» как птица (в разговорной речи его заменило «каплун» или «каплун-петух»). В украинских говорах это слово до сих пор живёт, а в литературном языке встречается редко. Таким образом, фамилия Каплуненко — не просто указание на занятие предка, но и языковой артефакт, зафиксировавший старый диалектный термин, который почти исчез из бытового обихода.