Фамилия Каплунский образована по классической модели с суффиксом -ск-, который в восточнославянских языках чаще всего указывает на принадлежность к местности или роду. В данном случае он прикреплен к основе Каплун, которая восходит к мирскому имени Каплун. Такие имена были распространены в дохристианской и раннехристианской традиции: ребенку давали прозвище от названия животного или птицы, чтобы, по народным верованиям, обмануть злых духов и передать младенцу качества зверя.

Нарицательное «каплун» в украинском и польском языках означает «петух». В отличие от более нейтрального «півень», слово «каплун» имело дополнительный оттенок — так называли холощеного петуха, которого откармливали на мясо. Поэтому имя Каплун могло быть не просто «птичьим», а содержать ироничный или бытовой подтекст: так могли прозвать либо задиристого, голосистого человека, либо, напротив, того, кто отличался дородностью и спокойным нравом. В любом случае, основа фамилии — не абстрактное слово, а живое прозвище, закрепившееся в роду.

Географически фамилия Каплунский тяготеет к западнорусским и украинским землям, где суффикс -ский был особенно популярен среди шляхты и духовенства. Однако носителями фамилии могли быть и крестьяне, и мещане: в Речи Посполитой фамилии на -ский не были исключительно дворянской привилегией, хотя позднее, в Российской империи, такое окончание нередко воспринималось как признак благородного происхождения. Таким образом, предок Каплунских мог быть как мелким землевладельцем, так и казаком или горожанином, получившим фамилию по прозвищу отца.

Сравните с однокоренными фамилиями: Каплунов, Каплуненко, Каплун. Каплунский отличается именно суффиксом -ск-, который в ономастике называют «территориальным» или «адъективным». Если Каплунов — это прямой ответ на вопрос «чей сын?», то Каплунский звучал как «из рода Каплунов» или «выходец из местности, связанной с Каплуном». В польской традиции такая модель была продуктивной, и многие украинские фамилии на -ский возникли именно под польским влиянием в XVI–XVII веках.