Фамилия Каплунская построена по самой распространённой в польско-украинско-белорусском регионе модели: основа + суффикс -ск-/-цк- и окончание -ая (в русской передаче) или -а (в украинской). Такие фамилии в XVI–XVIII веках получали в основном шляхта и духовенство, а позже — крестьяне и мещане, переходившие на фамилии по названию места рождения. В случае Каплунской связь с географией почти очевидна: скорее всего, предок носил прозвище Каплун или происходил из села Каплуны (или Каплуновка).

Исходное слово «каплун» — это кастрированный петух, откормленный на убой. В русских и украинских говорах слово имело и переносное значение: так могли назвать вялого, медлительного или холёного мужчину. Прозвище Каплун встречается в старых документах, и от него образовалась фамилия Каплунов (наиболее частотная), а также Каплуненко, Каплунский и Каплунская. Форма на -ская указывает на то, что первоначальным носителем фамилии была женщина (жена или дочь Каплунского), либо фамилия закрепилась в женском роде по правилам русского языка при записи.

С точки зрения ономастики, фамилия Каплунская — типичный пример так называемой «топонимической» фамилии, но с неочевидным корнем. Село Каплуны (Каплуновка) могло получить название от прозвища первого поселенца, а не от птицы напрямую. В Полтавской губернии, например, известно село Каплуновка (ныне в Сумской области), откуда могли выйти носители этой фамилии. По сословной принадлежности Каплунские могли быть как казачьей старшиной, так и крестьянами — суффикс -ский не гарантирует дворянства, хотя часто на него указывает.

Отдельная деталь: фамилия нечастотна, встречается в основном на востоке Украины и в южных областях России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В отличие от более массовой Каплунов, форма Каплунская сохраняет женский вариант окончания, что для русского языка нехарактерно — обычно фамилии на -ская уже в XIX веке склонялись как прилагательные и не меняли род. Это значит, что в документах фамилия могла быть записана как Каплунский для мужчины и Каплунская для женщины, но в современном употреблении закрепилась именно женская форма как основная.