Фамилия Каплуновская образована от мирского имени или прозвища Каплун. В древнерусской традиции имя Каплун напрямую связано с названием холощёного петуха — «каплун». До крещения Руси такая модель имянаречения была распространённой: давая ребёнку «животное» имя (Волк, Белка, Соловей), родители верили, что природа примет младенца как своего, а к нему перейдут качества названного существа. Однако в случае с Каплуном есть и другая версия: прозвище мог получить человек, любивший покрасоваться, — то есть в основе лежала не магическая защита, а ироничная характеристика.

Кроме того, слово «каплун» в некоторых говорах означало «окрошка, тюря». Если это так, то прозвище могло относиться к «профессиональным» — так называли повара. Таким образом, у фамилии Каплуновская как минимум три возможных корня: древнее дохристианское имя, прозвище по характеру или именование по роду занятий.

Суффикс -ск- указывает на то, что фамилия сформировалась по модели, типичной для польской, украинской или белорусской шляхты, а также для духовенства. Окончание -ая — это русская адаптация формы женского рода (в мужском варианте фамилия звучала бы как Каплуновский). Такая модель часто встречается у потомков выходцев с западнорусских земель, где фамилии на -ский были распространены среди дворянства и священнослужителей.

Среди известных однофамильцев — кинорежиссёр и художник-постановщик Владимир Павлович Каплуновский. С 1944 по 1949 год он был главным художником «Мосфильма». Его работы можно увидеть в фильмах «Швейк готовится к бою», «Мечта», «Два бойца» и «Кавказская пленница».

Точное место и время возникновения рода Каплуновских можно установить только в ходе генеалогического исследования. Однако по форме фамилии можно предположить, что её основатель жил на территории, где была распространена фамильная модель на -ский, и, вероятно, принадлежал к служилому сословию или духовенству.