Фамилия Каплункова — женская форма фамилии Каплунков, и её происхождение сразу отсылает нас к южнорусским и украинским говорам, где слово «каплун» было в ходу. Каплун — это кастрированный петух, которого откармливали на мясо. Прозвище Каплун могли дать либо птицеводу, специализировавшемуся на такой продукции, либо полному, медлительному человеку, которого сравнивали с холёным, малоподвижным петухом.

Модель образования фамилии проста и типична для русской ономастики: к основе «Каплун» добавили суффикс принадлежности -ов-, а затем родовое окончание -а. Таким образом, Каплунков — буквально «сын Каплуна» или «из семьи Каплуна». Суффикс -ов- указывает на то, что фамилия сформировалась в среде великорусского населения, а не в украинской, где использовали бы суффикс -енко или -ук.

В отличие от фамилий вроде Каплуновский, которые могли дать по названию села, Каплунков — «чистая» прозвищная фамилия, без топонимического слоя. Это значит, что предок носителя фамилии с большой вероятностью жил не в столице, а в сельской местности Черноземья, Слобожанщины или Дона — регионах, где разведение кур было основой хозяйства.

Встречаются и редкие варианты написания — Каплунко́в, с ударением на последний слог, что свойственно южнорусским говорам. Фамилия не относится к дворянским: её носители — потомки крестьян, мещан или однодворцев, которые сохранили в родовом имени память о хозяйственном укладе своих предков.