Фамилия Каплунова — типичная русская фамилия, образованная от прозвища Каплун. Слово «каплун» в старину имело два значения: так называли и кастрированного петуха, откармливаемого на мясо, и индюка. Поэтому прозвище могли дать по-разному. Если человек держал птицу или торговал ею, прозвище указывало на род занятий. Но чаще за ним стояла внешность или характер: каплунами в народе звали людей важных, любящих покрасоваться, а также драчливых и задиристых — по аналогии с петушиным поведением.

Слово «каплун» пришло в русский язык из немецкого (Kapaun) или французского (chapon), а туда — из латыни. В русских говорах у него были варианты «каплун», «коплун», «каплюн». Это объясняет, почему в документах XVII–XVIII веков встречаются разные написания фамилии, пока не закрепилась современная форма.

Фамилия Каплунова — женская форма, а мужская — Каплунов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «сын Каплуна». Такая модель была самой распространённой в России при образовании фамилий от прозвищ и мирских имён. Встречаются и однокоренные фамилии: Каплун, Каплунский, Каплуненко (украинский вариант).

Географически фамилия Каплуновы чаще всего фиксировалась в южных и центральных губерниях России, особенно на Дону и Кубани, где казачий быт был тесно связан с птицеводством. В этих краях прозвище Каплун могло закрепиться за хозяином, который держал много птицы, или за человеком с петушиной осанкой. Поскольку фамилия недворянская, её носители — в основном крестьяне, мещане и казаки. В дворянских родословных книгах Каплуновы не значатся.