Фамилия Каплунов образована от прозвища Каплун: так в старину называли петухов, а также индюков. Скорее всего, такое прозвище дали человеку, который любил покрасоваться или подраться. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Каплун, со временем получил фамилию Каплунов.