Фамилия Каплуновский образована по той же модели, что и множество других славянских фамилий: к основе добавили суффикс -ск-, а затем родовое окончание -ий. Такие именования широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Каплун.

Слово «каплун» в русских говорах означало кастрированного петуха, откармливаемого на мясо. В переносном смысле так могли назвать вялого, медлительного или изнеженного человека. Однако не исключено, что прозвище дали по роду занятий: каплунник — тот, кто откармливал птицу, или торговец домашней птицей. В польском и украинском языках слово kapłun имеет то же значение, что делает фамилию понятной для носителей разных славянских культур.

Фамилия Каплуновский — типичная для шляхетской или казацкой среды. Суффикс -ский в польско-литовской традиции указывал на принадлежность к определённой местности или роду, а позже стал маркером дворянского происхождения. В русском языке такие фамилии часто получали выходцы из Речи Посполитой, переходившие на службу к московским государям. Вполне вероятно, что предок носителя фамилии владел хутором или деревней с названием Каплуново или Каплуновка — такие топонимы встречаются на территории современной Украины и Беларуси.

Таким образом, фамилия Каплуновский может указывать как на прозвище предка (по характеру или профессии), так и на географическое название места, откуда он происходил. Обе версии имеют равное право на существование, и без конкретных генеалогических изысканий определить, какая из них верна для конкретного семейства, невозможно.