Основой фамилии Каплунков послужило мирское имя Каплунок. Мирское имя Каплунок берет начало от нарицательного «каплун», которое в украинском и польском языках имеет значение «петух». Давая младенцу имя со значением «петух», родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Каплунок, со временем получил фамилию Каплунков.