Фамилия Каплунков — одна из тех, что образовалась напрямую от мирского имени, а не от прозвища взрослого человека. В основе лежит имя Каплунок, которое давали ребёнку. Это имя, в свою очередь, происходит от слова «каплун» — так в украинском и польском языках называли петуха.

Зачем родители называли сына Каплунком? В дохристианской традиции имя, означающее животное, считалось оберегом. Считалось, что если назвать ребёнка «петухом», природа примет его за своего, и к нему перейдут качества этой птицы: бдительность, бойкость, умение подавать голос. Это не прозвище за драчливость, а именно имя-пожелание, данное при рождении.

В русской ономастике модель образования фамилии проста: мирское имя Каплунок (с уменьшительным суффиксом -ок) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Итоговая фамилия Каплунков буквально значит «сын Каплунка». Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась в великорусской среде, хотя корень — украинский или польский.

Это важная деталь: само слово «каплун» — не исконно русское. В русских говорах петуха называли иначе (кочет, петух), а «каплун» — заимствование с запада. Поэтому фамилия Каплунков, скорее всего, имеет южнорусские или украинские корни, но оформлена уже по московскому образцу. Встречаются варианты написания Каплунко́в (с ударением на последний слог) и Каплу́нков (с ударением на корень) — второй вариант чаще встречается у потомков переселенцев, сохранивших исходное ударение мирского имени.

В сословном плане носители фамилии — почти наверняка крестьяне или мещане. Фамилии на -ов от мирских имён были типичны для непривилегированных слоёв в XV–XVII веках. Дворянские фамилии чаще образовывались от полных крестильных имён или прозвищ с суффиксами -ский/-ской. Каплунков — «низовая», народная фамилия, и в этом её ценность: она сохранила память о древнем именослове, где человека могли назвать Петухом не в насмешку, а для защиты.